Lesní porosty vrchu Doutnáč jsou od roku 2004 ponechány samovolnému vývoji, tedy bez úmyslných zásahů lesníků. Doutnáč byl vybrán jako bezzásahová oblast pro svou ucelenost a přesto velkou rozmanitost stanovištních podmínek.

Zdejší lesy jsou ponechány bez úmyslných zásahů lesníků a také bez ochranářského managementu. Území o rozloze 67 ha je určeno k samovolnému vývoji od roku 2004 na základě smlouvy uzavřené mezi Lesy ČR s.p. a Správou chráněné krajinné oblasti Český kras.

Nadmořská výška se pohybuje od 340 m u Bubovického mpotoka po vrchol Doutnáče ve výšce 433 m.  

Lesy Českého krasu se nacházejí ve staré sídelní oblasti a vliv člověka zde trvá kontinuálně již od neolitu, tj. zhruba 7000 let. Z tohoto důvodu nelze hovořit o zdejších lesích jako o přirozených lesích s původní druhovou skladbou. Jejich současná skladba dřevin je často důsledkem v minulosti probíhající lidské činnosti. 

​​​​​​​
 

Lesy Doutnáče byly ještě v nedávné minulosti, zhruba do poloviny 20. století, obhospodařovány jako střední lesy s nízkým zastoupením výstavkového patra a s vysokou intenzitou těžby v pařezině. Byly rovněž vystaveny hrabání steliva a pastvě dobytka. Intenzivní pařezinné hospodaření zde skončilo přibližně před druhou světovou válkou, stejně tak jako pastva a hrabání steliva. Současné lesní porosty tvoří převážně přerostlé pařeziny, takzvané nepravé kmenoviny, s ojedinělými výstavky semenného původu (nejčastěji duby). V nížinných oblastech našeho státu probíhalo hospodaření téměř ve všech lesích obdobně a v současnosti nemáme lokality o kterých můžeme hovořit jako o přirozených lesích. Právě z tohoto důvodu je důležité ponechání vybraných lesních porostů přirozenému vývoji. Tyto lesy pak tvoří modelové lokality na kterých lze studovat probíhající přírodní procesy. Vrch Doutnáč se nachází v centru NPR Karlštejn a představuje průřez téměř všemi stanovišti, jež se vyskytují v NPR. Jsou tu zastoupeny téměř​​​​​​​ všechny zdejší lesní typy. Na severním svahu jsou to bučiny, přecházející v doubravy a habrové doubravy na temeni kopce. Dřínové doubravy se šípákem na jižním svahu přecházejí ve větší enklávu stepních trávníků podmíněnou malou mocností půdy, kde místy vystupuje skalní podloží až na povrch. Na východních a západních svazích se vyskytují suťové javoro-habrové doubravy. Pouze na jediném místě (severovýchodní úpatí) zůstal na Doutnáči zcela nepůvodní smrkový porost (monokultura), který je napaden kůrovcem a v nejbližších letech dojde k jeho úplnému rozpadu a náhradě listnatým porostem z přirozeného zmlazení (zejména buku).

Lesnické hospodaření v lokalitě Doutnáč bylo po vyhlášení Národní přírodní rezervace Karlštejn postupně utlumováno, podstatná část lesních porostů zůstávala bez zásahů. Hospodářské zásahy se orientovaly hlavně na odstraňování geograficky či stanovištně nepůvodních dřevin. Dne 20. 9. 2004 byla podepsána dohoda mezi Lesy ČR s. p., Lesní správou Nižbor a Správou CHKO Český kras o ponechání lesů na Doutnáčí samovolnému vývoji a od tohoto data zde nejsou prováděny žádné hospodářské zásahy. Celková výměra bezzásahového území je 67,64 ha. V roce 2005 byl zahájen monitoring dynamiky vývoje lesa Doutnáče. Počáteční stav lokality byl publikován v roce 2008.